Situata ai piedi del colle della Croce nel quartiere popolare di San Giuseppe, allora quartiere Pendino, fu edificata all’interno di un vignale di proprietà di Gian Antonio Micciché nel 1502. Nel 1527 fu eletta a confraternita e nel 1569 ingloba all’interno della confraternita i Confrati della Chiesa di S. Agrippina (nel quartiere dell’Oliveto) che, a sua volta, l’avevano ceduto ai PP. Cappuccini per consentirgli la costruzione del Convento. Nel 1598 Don Giovanni Orosio, Vescovo di Siracusa, la elesse a Grancia, cioè deposito, della Matrice di San Matteo. Demolita a seguito del terremoto del 1693 fu ricostruita nel XVIII secolo con il contributo dei confrati e dei devoti a S. Giuseppe.
La Chiesa per la struttura è da annoverare tra le architetture minori della città con tecniche costruttive meno elaborate architettonicamente rispetto a quelle più ricche del fondo valle.
La facciata in unico piano, leggermente concava, è delimitata da due paraste di ordine tuscanico e si raccorda al piano con una leggera strombatura. La facciata è conclusa da un cornicione fortemente aggettante con a lato, da costituirne un tutt’uno, il campanile a torre rettangolare. Il portale d’ingresso con lesene accoppiate cimate da capitelli ionici è posto al centro della facciata e si raccorda con il piano stradale attraverso dei gradini in pietra. Un’ampia finestra vetrata arcuata è situata sopra il portone d’ingresso.
L’interno settecentesco presenta un impianto ad un’unica navata ed un presbiterio a terminazione piatta.
Tra le opere d’arte custodite all’interno della Chiesa sono da ammirare la statua marmorea del Gagini (1496) raffigurante Santa Agrippina, la statua lignea di cipresso rivestita in lamine di argento raffigurante San Giuseppe con in braccio Gesù Bambino, un’Acquasantiera, in pietra marmorea di asfalto, riproducente un Angelo che porta sulla testa la “Conca” dell’Acquasanta.